运输货物开票的方法主要包括以下几种：

一、自主开具发票运送企业如果提供运送劳务，可以自行开具交通运输业统一发票。这是一种由运输企业自行开票的方式，需确保发票内容真实、完整，并遵守相关税收法律、行政法规的规定。

二、由自开税票经营者开具发票如果运输企业被确认为自开税票经营者，其开具的货运运输发票也准许计算抵税进项税。这种方式下，运输企业需要按照税收法律、行政法规的规定，正确开具并申报发票。

三、申请代开发票对于需要临时使用发票的单位和个人，如个体车运输者，可以凭购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动的书面证明、经办人身份证明，直接向经营地税务机关申请代开发票。在申请代开发票时，应确保所提供的证明资料真实有效，并按照规定缴纳应缴纳的税款。四、电子发票的开具随着电子发票系统的普及，运输企业或个人还可以通过电子方式开具和传递发票。这种方式下，应确保电子发票的合法性和准确性，并遵守国务院税务主管部门关于电子发票的规定。综上所述，运输货物开票的方法主要包括自主开具发票、由自开税票经营者开具发票、申请代开发票以及电子发票的开具。在具体操作时，应根据实际情况选择合适的方式，并确保遵守相关税收法律和行政法规的规定。此外，还需注意，运输发票的税额计算方式为：根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额，依一定比例（如9%）的扣除率计算进项税额准予扣除。但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。因此，在开具运输发票时，应准确区分运费和其他费用，以确保税额的正确计算。